Alessandro Troncon iniziò la carriera sportiva nelle formazioni giovanili del Benetton Treviso diventando titolare in prima squadra come mediano di mischia. Ci rimase fino al 1999 quando accettò un contratto dell'A.S.Montferrand di Clermont-Ferrand in Francia.

Nel 2002 firmò un nuovo contratto con i bianco-verdi di Treviso con cui nella stagione 2005-2006 vinse lo scudetto. La finale sarà anche la sua ultima partita in Italia, infatti, dalla successiva stagione giocò per il club francese ASM Clermont Auvergne, in cui aveva già militato in precedenza.
Ha indossato la maglia azzurra per la prima volta il 7 maggio 1994 a Parma in una partita con la Spagna dominata dall’Italia con un risultato di 62 a 15.

Troncon è il giocatore che ha più volte indossato la maglia azzurra superando il precedente primato di Carlo Checchinato. È stato protagonista dei più importanti successi dell'Italia rugby, dalla vittoria di Grenoble nel 1997, l'unica nella storia dell'Italia rugby contro la Francia, al grande esordio nel 6 Nazioni 2000: vittoria contro la Scozia per 34 a 20.
Parteciperà poi a tutte le edizioni del torneo, tranne quelle del 2004 e del 2006, in cui sarà sostituito da Paul Griffen. Dopo il 2005 mediterà di abbandonare la Nazionale.
Richiamato in Nazionale dopo un anno di pausa condusse la squadra alla miglior prestazione di sempre da quando è nel torneo delle 6 Nazioni. È anche l'autore di una meta nella partita Scozia-Italia valevole per il Sei Nazioni 2007. In quella stessa partita viene nominato Man of the Match per la seconda volta consecutiva.
Nel 2006/07 con il Clermont-Auvergne ha vinto l'European Challenge Cup.
Convocato per il mondiale 2007, contro il Portogallo raggiunse le 100 presenze in azzurro. Il suo ritiro dal Rugby Professionistico avviene dopo l'uscita della nazionale italiana al mondiale 2007 durante la partita Italia-Scozia, terminata 16